Для сохранения настроек Total Commander нужно два файла: wincmd.ini (персональные настройки) и, если вы работаете через Total Commander по FTP, wcx_ftp.ini.
В более ранних версиях Windows оба файла хранились в папке программы, например, \totalcmd\ или \Total Commander\. Стандартно это
C:\Program Files\Total Commander\
А в «десятке» они хранятся в совершенно другом месте. Их адрес теперь:
C:\Users\[Ваша учетная запись]\AppData\Roaming\GHISLER\wcx_ftp.ini.
C:\Users\[Ваша учетная запись]\AppData\Roaming\GHISLER\wincmd.ini.
Чтобы не терять настройки, забэкапьте эти два файла. Если Total Commander или даже целый Windows придется переустанавливать, после установки скопируйте эти файлы в указанную папку.