Я бы разделила вопрос об обособлении запятыми «в том числе» на две части:
а) обособляется ли запятыми сама конструкция «в том числе»;
б) нужно ли обособлять запятыми обороты с «в том числе».
Так вот, «в том числе» — это союз, а не вводное слово. Поэтому сразу после него запятую ставить не надо. Если он употребляется с союзом а или и (а в том числе, и в том числе), перед ним запятая тоже не нужна.
А вот обороты с «в том числе» запятыми обособляются, где бы они ни стояли в предложении. Они выполняют функцию уточнения, дополнения и являются одним целым с союзом «в том числе», который в этих оборотах имеет значение среди которых, включая.
Пётр Степанович, любивший танцы, а в том числе и мазурку, всегда любовался на молодежь.
По грунтовой дороге, поднимая облако пыли, двигалась колонна боевых машин пехоты, в том числе два тяжелых танка.
Однако есть случаи, когда запятые не требуются вовсе. Такая ситуация возникает, когда оборот «в том числе» важен настолько, что при его отсутствии смысл предложения меняется, а то и вовсе пропадает.
Обмеление рек в этом году связано в том числе и с погодными условиями.
Сравните:
Обмеление рек в этом году связано и с погодными условиями.