Путь к базам MSE в Windows XP:
\Documents and Settings\All Users\Application Data\Microsoft\Microsoft Antimalware\Definition Updates\{ХХХХХХХХ-ХХХХ-ХХХХ-ХХХХ-ХХХХХХХХХХХХ}\
Путь к базам MSE в Windows Vista и Windows 7:
или в каталоге \Users\All Users\Microsoft\Microsoft Antimalware\Definition Updates\{ХХХХХХХХ-ХХХХ-ХХХХ-ХХХХ-ХХХХХХХХХХХХ}\
где {ХХХХХХХХ-ХХХХ-ХХХХ-ХХХХ-ХХХХХХХХХХХХ} — уникальный идентификатор.
Бонус к записи — полезная ссылка: скачать базы MSE с сайта Microsoft вручную. Там лежат exe-шки. Скачайте нужную и запустите. Впрочем, полная инструкция по ссылке имеется.